L'Autogestione consiste in due (eccezionalmente tre giorni) durante i quali l'intera sede si trasforma profondamente.

L'organizzazione è affidata ad una numerosa commissione composta da soli studenti (circa una quarantina), che si ritrovano a scadenze regolari durante tutto l'anno: viene scelto il tema, progettato lo svolgimento delle attività, dei concerti e delle proiezioni che arricchiscono i tre giorni. L'Autogestione consiste infatti nell' organizzare e partecipare ad attività di svariato genere (conferenze, corso di attività sportive, o semplicemente esprssioni di “lezioni di vita” (come testimonianze storiche e di carattere sociale). Per riuscire a proporre queste attività gli allievi si mobilitano già fin da ottobre/novembre, cercando persone disposte a giocare il ruolo di relatore, oppure proponendo attività loro stessi. Al termine delle attività della giornata, gli allievi possono rilassarsi con la musica che le band liceali o della realtà ticinese propongono sul piazzale del liceo. Da un paio d'anni, inoltre, l'Autogestione si protrae fino alla sera.

L'Autogestione si svolge in un clima piacevole ed è un momento importante per la vita di sede, poiché dà la possibilità agli allievi di progettare e assaporare la scuola in modo diverso, assieme ai docenti interessati. Allieve e allievi, ma anche il personale docente, vivono la scuola in maniera “diversa”, senza tuttavia rinunciare a importanti occasioni di apprendimento e crescita personale.